在历经波折修复好时空穿梭机后，联盟众人带着时空装置踏上了归程。穿梭机在时空隧道中平稳飞行，苏然望着窗外不断变幻的光影，心中满是忧虑。他皱着眉头对众人说道：“虽然我们成功找回了时空装置，但这次的时空穿越之旅让我意识到，时空的奥秘远比我们想象的要复杂得多。” 晓琳在一旁点头表示赞同：“是啊，那些不同时空的奇特生物、神秘人以及高度发达的文明，都给我们留下了深刻的印象，谁知道还有多少未知的危险隐藏在时空之中。”

当穿梭机终于穿出时空隧道，回到他们原本的时空时，大家都松了一口气。然而，他们刚回到营地，就发现情况有些不对劲。

原来，在他们穿越时空期间，星能研究院的残余势力又开始蠢蠢欲动。这些残余势力趁着联盟的主要力量不在，在周边地区制造了多起破坏事件，还试图抢夺其他营地的资源。

阿杰愤怒地一拳砸在桌子上，说道：“这些家伙真是阴魂不散，我们刚刚解决了时空装置的危机，他们就又开始兴风作浪了。” 苏然冷静地分析道：“我们现在要尽快平息这些混乱，同时要对星能研究院的残余势力进行彻底的清剿，不能再让他们有喘息的机会。”

他们迅速制定了行动计划。一方面，派出一部分力量去支援那些受到攻击的营地，帮助他们击退星能研究院的残余势力；另一方面，阿杰带领着精锐部队对星能研究院残余势力的据点进行突袭。

在支援其他营地的过程中，联盟的战士们发现，星能研究院的残余势力这次的攻击手段更加狡猾。他们不再单纯依靠武力，而是使用了一些心理战术，在攻击前散播谣言，制造恐慌，让营地的人们人心惶惶。

一位名叫李强的战士皱着眉头说道：“这些家伙的招数越来越阴险了，不过我们不会让他们得逞的。” 他们在支援的过程中，不仅帮助营地进行防御，还积极地安抚民众的情绪，让大家不要被敌人的谣言所蛊惑。

在对星能研究院残余势力据点的突袭中，阿杰带领着精锐部队小心翼翼地靠近据点。他们发现，据点周围布置了新的防御设施，这些防御设施不仅有能量护盾，还有一些可以发射干扰波的装置，能够对他们的通讯和武器系统造成影响。

阿杰仔细观察后说道：“我们要先想办法破坏这些干扰波装置，然后再突破能量护盾。” 他们利用特制的干扰器，对敌人的干扰波装置进行了反向干扰，使其失去了作用。接着，他们集中火力攻击能量护盾的能量节点，很快就突破了护盾。

进入据点后，他们与星能研究院的残余势力展开了激烈的战斗。这些残余势力虽然人数不多，但个个都抱着必死的决心，战斗非常顽强。

在战斗中，他们发现了一个神秘的房间。房间里摆满了各种实验设备和资料，似乎是星能研究院正在进行的一项秘密研究。苏然说道：“这些资料可能会对我们了解星能研究院的阴谋有很大的帮助，我们要把它们带回去好好研究。”

经过一番激战，他们成功地清剿了这个据点，并且带回了那些神秘的资料。在对这些资料进行研究的过程中，晓琳发现了一个惊人的秘密。

原来，星能研究院在被联盟打击的过程中，一直在秘密研究一种可以控制时空的武器。这种武器利用了时空装置的原理，如果研制成功，将会对整个时空造成巨大的威胁。

晓琳焦急地说道：“我们必须阻止他们研制这种武器，否则后果不堪设想。” 他们开始根据这些资料，寻找星能研究院研制这种武器的地点。

经过艰苦的侦查，他们终于确定了武器研制地点在一个被废弃的军事基地中。这个军事基地位于一个偏远的山区，周围地形复杂，易守难攻。

他们制定了详细的进攻计划。在进攻的那一天，阿杰悄悄地带领着队伍靠近了军事基地。然而，他们发现，星能研究院似乎已经察觉到了他们的行动，在军事基地周围布置了大量的陷阱和伏兵。

阿杰提醒道：“大家小心，不要中了敌人的圈套。” 他们小心翼翼地避开陷阱，与伏兵展开了激战。在战斗中，他们发现伏兵中有一些经过特殊训练的战士，这些战士的身体素质和战斗技巧都非常出色。

苏然皱着眉头说道：“这些战士不好对付，我们要集中火力，先消灭他们。” 他们调整了战斗策略，集中火力攻击这些特殊战士。经过一番苦战，他们终于消灭了这些特殊战士，突破了敌人的防线。

进入军事基地后，他们看到了正在研制中的时空控制武器。这个武器的主体已经基本完成，周围还连接着各种复杂的能量管道和控制系统。

阿杰说道：“我们要尽快摧毁这个武器，不能让它研制成功。” 他们正准备对武器发动攻击，突然，军事基地中响起了警报声。原来，星能研究院在武器上设置了自毁装置，如果受到攻击，就会触发自毁装置，可能会引发巨大的爆炸。

晓琳说道：“我们不能贸然攻击，要先想办法解除自毁装置。” 他们开始对自毁装置进行研究，寻找解除的方法。经过一番紧张的研究，他们终于找到了自毁装置的解除方法。

他们迅速解除了自毁装置，然后对时空控制武器发动了猛烈的攻击。在强大的火力攻击下，时空控制武器很快就被摧毁了。

然而，他们还没有来得及松一口气，就发现军事基地中还有一个隐藏的地下室。他们进入地下室后，发现里面摆满了各种实验样本和资料。这些资料显示，星能研究院还在进行着其他危险的研究。

苏然说道：“这些资料我们要全部带回去，不能让星能研究院的阴谋继续下去。” 他们把这些资料整理好，然后带着它们离开了军事基地。

在返回营地的路上，苏然意识到，虽然这次成功摧毁了时空控制武器，但星能研究院的威胁并没有完全消除。他们还要继续加强对星能研究院残余势力的清剿，同时要对这些新发现的资料进行深入研究，以防止星能研究院的其他阴谋得逞。